亨廷頓被認為是美國最具有影響力的政治思想家之一。他生前的好友、哈佛大學榮譽退休教授亨利·羅索夫斯基説，全世界的人都在研究和討論他的觀點，他顯然是過去50年中世界上最有影響力的政治學家之一。「他的每一本書都具有不可低估的影響力。」 羅索夫斯基説，「他的一些説法已經成為我們的日常詞匯。」 比如「文明的衝突」 —亨廷頓在1993年鑄就的這個詞，9·11之後成了我們這個時代使用頻率最高的日常詞匯。
他生前參與編寫了17本書，還撰寫了90多篇學術論文，其中最著名的即是1996年出版的《文明的衝突與世界秩序的重建》，已經被翻譯成39中語言出版。
在書中，亨廷頓認為在冷戰後的世界，文化和宗教的差異而非意識形態的分歧將導致世界幾大文明之間的競爭和衝突。其中他特別提到基督教文明與伊斯蘭文明的衝突，而且説到基督教文明如果不警醒，那麼幾十年內將會面臨被伊斯蘭文明打敗的危險。這一觀點在基督教、學術等各界引起廣泛辯論和爭議，特別是在「9·11」 恐怖襲擊發生後，亨廷頓的文化衝突論更是引起關注。
