由於災後垃圾堆積，積水不退，細茵孳生，台灣新流感疫情又升溫，國軍已傳出多起病例，有鑒於此，從水災第一天即已進駐屏東災區的基督教救助協會，對於來去的志工健康管理非常嚴格。因為教會是人口密度高的公共場所之一，也就是說，所有來過災區的志工，可能會把各樣傳染病帶回教會，所以令教會也可能是高感染區！

救助協會在崎頂南榮國中所設立的前進指揮中心，一直都設有醫護站，為志工進行感染、皮膚、肌肉骨骼照護及腸胃系統的監測。因此即使到26日止，志工人次已超過6500次，但並沒有疫情發生。

此外，救助協會的志工每日進出災區皆需測量額溫，若有超過37℃，就先引至通風區，再進一步評估症狀、接觸史、家庭史、旅遊史等，並規劃下一步的治療措施。

而志工前往現場服務時，不論多熱，一定要戴口罩、手套，穿雨靴，且要求一定要穿長筒襪。負責護理站人員楊雪梅表示，手腳在手套、雨鞋溫濕環境中，因長時間摩擦，容易產生皮膚膿疱疹、過敏反應、紅疹等症狀，所以工作前後都先對皮膚篩檢，再予以適當藥物照護。

在管控感染方面，雪梅表示，志工回營時要先脫去手套、雨靴、口罩及背心，然後除汙、噴灑酒精消毒，並以醫院級高層次洗手乳洗手至手臂以上。經此標準程序後，才得進入房間或辦公室。而所脫下的衣物、雨靴，也依除汙－清潔－消毒（漂白水）程序分區、分塊處理，住宿環境則每日以漂白水擦拭兩次，公共區域以漂白水刷洗，以維護環境安全。

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27日起救助協會指揮中心已由南榮國中移到林邊聖教會，且以一日志工為主力，未來指揮中心就不會有大量的志工駐留，讓醫護人員繃緊的神經，終於可以稍稍放鬆了。