今年大会的主题为“公义与怜悯”。来自全台湾各地区的不同族群及宗派应邀参与，透过祷告互相联结，求神赐福于台湾。
国家祈祷早餐会于28日上午7时15分开始。长老教会高俊明牧师带领了开会祷告，台湾政府长官陈水扁也莅临会场致辞。随后，中华基督教福音协进会秘书长夏忠坚牧师以“公义与怜悯”为题布道，冯隆曦、林朝泰、温永生、张以诺四位牧师则分别为其所代表的国、台、客、原住民四大族群祷告。
而在次日举行的为国祷告大会上，中华基督教救助协会提供了“台湾影像”，分享他们多年来在台湾服事的经历，台北灵粮堂牧师周神助、高俊明在会上证道，随后，来自各间教会团体的代表分别带领会众为台湾政治、经济、族群、家庭、教育及教会祷告。
台湾国家祈祷早餐会始于2001年。当时台湾几位牧者代表赴韩参加了韩国的国家祈祷早餐会，深获激励，返台后即发动基督徒及政、商、学、社团等各界人士，聚集一堂为台湾祷告。
而《旷野》杂志社社长苏南洲，则曾为国家祈祷早餐会连同多位牧者提出呼吁，与会者应遵守“上帝的归上帝，恺撒的归恺撒”之教训，避免邀请政府首长到场致辞或见证，不向政府申请补助，不以“国家”之名举办宗教活动，且政府也不应籍此收拢民心，以保持“互相尊重、互不干涉、互不隶属”的三互政教原则。而祈祷早餐会也不宜以全体基督教会的姿态来主办，而应效法美国、韩国，以国会团契等基督徒政治工作团体主办。最后他呼吁政府及教会审慎面对国家祈祷早餐会所带来的政教问题，并祈求圣灵帮助教会真实发挥先知与祭司的角色，坚守教会立场，以诚实无伪的良心共同促进教会的合一。
对此，本届国家祈祷早餐会筹备会召集人周神助牧师表示，大会的宗旨从第一年起就清楚地定为“为人民、政府、总统、国家及世界和平祷告，求上主使我们的国家能实实在在落实在上主所赐的公义、和平、慈爱，成为一个信、望、爱的国家”。而大会也不是特别为某一个政党祷告，而是为执政掌权的祷告，国家祈祷早餐会并不涉入政党活动。不论何人、何党执政，国家祈祷早餐会为国家、社会、执政者祷告之宗旨和方向都不会改变。
他又说，别的国家的祈祷早餐会已多少演变为政商联谊的场所，但台湾的仍以分享见证为主，他对此感到非常感谢。关于祷告的方式，他表示，问题是层出不穷的，但先求神的国、神的义的话，神自然会帮助这一方人民。此外，若要看见整个国家转变，“首先必须让每位个人、每个家庭都建立起祷告的祭坛”，然后才能进而在小组、教会和城市当中建立有力的祷告堡垒，“最后建立整个国家的祷告城墙”。他说，因循著这个模式，印尼和乌干达都得到了很大的转变，不但个人得到神的祝福，整个家庭、教会和国家也一同得到神的保守。
