今年大會的主題為“公義與憐憫”。來自全台灣各地區的不同族羣及宗派應邀參與，透過禱告互相聯結，求神賜福於台灣。
國家祈禱早餐會於28日上午7時15分開始。長老教會高俊明牧師帶領了開會禱告，台灣政府長官陳水扁也蒞臨會場致辭。隨後，中華基督教福音協進會秘書長夏忠堅牧師以“公義與憐憫”為題佈道，馮隆曦、林朝泰、温永生、張以諾四位牧師則分別為其所代表的國、台、客、原住民四大族羣禱告。
而在次日舉行的為國禱告大會上，中華基督教救助協會提供了“台灣影像”，分享他們多年來在台灣服事的經歷，台北靈糧堂牧師周神助、高俊明在會上證道，隨後，來自各間教會團體的代表分別帶領會眾為台灣政治、經濟、族羣、家庭、教育及教會禱告。
台灣國家祈禱早餐會始於2001年。當時台灣幾位牧者代表赴韓參加了韓國的國家祈禱早餐會，深獲激勵，返台後即發動基督徒及政、商、學、社團等各界人士，聚集一堂為台灣禱告。
而《曠野》雜誌社社長蘇南洲，則曾為國家祈禱早餐會連同多位牧者提出呼籲，與會者應遵守“上帝的歸上帝，愷撒的歸愷撒”之教訓，避免邀請政府首長到場致辭或見證，不向政府申請補助，不以“國家”之名舉辦宗教活動，且政府也不應籍此收攏民心，以保持“互相尊重、互不干涉、互不隸屬”的三互政教原則。而祈禱早餐會也不宜以全體基督教會的姿態來主辦，而應效法美國、韓國，以國會團契等基督徒政治工作團體主辦。最後他呼籲政府及教會審慎面對國家祈禱早餐會所帶來的政教問題，並祈求聖靈幫助教會真實發揮先知與祭司的角色，堅守教會立場，以誠實無偽的良心共同促進教會的合一。
對此，本屆國家祈禱早餐會籌備會召集人周神助牧師表示，大會的宗旨從第一年起就清楚地定為“為人民、政府、總統、國家及世界和平禱告，求上主使我們的國家能實實在在落實在上主所賜的公義、和平、慈愛，成為一個信、望、愛的國家”。而大會也不是特別為某一個政黨禱告，而是為執政掌權的禱告，國家祈禱早餐會並不涉入政黨活動。不論何人、何黨執政，國家祈禱早餐會為國家、社會、執政者禱告之宗旨和方向都不會改變。
他又説，別的國家的祈禱早餐會已多少演變為政商聯誼的場所，但台灣的仍以分享見證為主，他對此感到非常感謝。關於禱告的方式，他表示，問題是層出不窮的，但先求神的國、神的義的話，神自然會幫助這一方人民。此外，若要看見整個國家轉變，“首先必須讓每位個人、每個家庭都建立起禱告的祭壇”，然後才能進而在小組、教會和城市當中建立有力的禱告堡壘，“最後建立整個國家的禱告城牆”。他説，因循著這個模式，印尼和烏幹達都得到了很大的轉變，不但個人得到神的祝福，整個家庭、教會和國家也一同得到神的保守。
