日本文化事务厅公布最新版本《宗教年鉴》（Reiwa Gen [2019]版），天主教徒和新教徒略有增加，但总体而言呈下降趋势特别是主流新教徒下降幅度较大。
日本信徒人数为953,461，据日本内务和通信部统计局估计，日本总人口1亿220万，信徒占0.76％，纵观对上三年信徒人数在下降中：959,640（2018），962,530（2017），968,066（2016）减少了14,605（约2％）。教堂总数为5,820，堂数量增加77间。
天主教是世界上最大的基督宗教，全世界约有13亿信徒（约占世界人口18％）。新教徒在日本有是一个独特的组织，朝拜和其他宗教仪式各异，但是天主教是一个全球性组织。
对于日本的宗派发展，天主教八王子教会牧师杂贺伸之指，日本的基督教会联合会（NCC）是在战争期间通过巩固新教宗教而形成的。因此，战后有许多独立的宗教，例如信义会、浸信会，他们重视其宗教传统，但它们仍然是日本最大的新教徒。因此，联合教会混合了不同宗派的特征和改革。
他又指，在16世纪，由于路德和加尔文的改革，新教徒与天主教分离，后来由于路德宗，宗教改革者，卫理公会，浸信会等原因，他们由于圣经的解释，宗教的忠诚和教义重点的不同而分开。
现时日本基督教会联合会及福音派的日本福音派联盟（JEA）主导教界。至于信徒人数最多的首2间教会为：日本基督教会有111,090人（约占基督徒12％）；1986有139,247信徒。日本国教教堂有47,886人（约占基督徒5％）；1999年信徒达到高峰时有58,382人。
