針對新冠變種病毒對學校及堂會影響，港澳兩地教會區會公佈應變措施。循道衞理聯合教會暫停屬下堂會使用學校場地舉行現場崇拜；中華基督教會香港區會為停課學生及家長祈禱；浸信會聯會延長暫停實體聚會。天主教澳門教區呼籲持黃或紅色健康碼教友可獲免參與彌撒。
香港教育局本月先後發出通告，全港小學、幼稚園及暨幼兒中心、中學暫停面授課堂直至學校農曆新年假期，並且實施「疫苗氣泡」，由2月24日起教職員及訪客均需出示至少已接種第一劑疫苗的記錄，才可進入學校。
循道衞理聯合教會總議會1月21日發出特別通告，鑑於政府相繼宣佈全港小學、幼稚園暫停面授上課，中學亦於1月24日開始停課至農曆新年，該會決定由1月24日起暫停屬下堂會使用中學、小學及幼稚園場地舉行之現場崇拜，並鼓勵受影響之弟兄姊妹參加網上崇拜，或前往其他堂會參與現場崇拜，惟需先了解及遵守各堂因應個別情況而作出之特別崇拜及防疫安排。
中華基督教會香港區會於1月25日於網站貼文稱，因著疫情嚴峻，教育局宣佈全港小學及幼稚園學生自1月14日起至農曆新年假後，全部停止面授課堂，並考慮待農曆年後復課後，或會安排接種疫苗隊伍到每間學校，為5-11歲學童接種科興疫苗。
故此呼籲為全港小學及幼稚園學生禱告，求恩主看顧，保守孩子們遠離病毒，停課期間幫助家長們各項照顧的安排，讓孩子們得著保護，平安、健康度過每一天。
香港浸信會聯會1月20日更新建議防疫應變通告，指出變種新型冠狀病毒 Omicon 擴散情況及確診數字越趨嚴峻，政府於1月19日公佈將刊憲延續現行社交距離措施的有效期14天，由1月21日起生效，直至2月3日為止。
聯會建議各成員教會考慮以相應措施共同抗疫，如繼續暫停實體聚會並改為線上進行，直至疫情稍為緩和，並願耶和華賜福保護眾人。
澳門方面，天主教澳門教區1月20日公告，奉李斌生主教諭，聖堂場所二維碼及健康碼由即日起，凡沒法使用場所二維碼，或持黃色 ／紅色健康碼的教友均獲寬免參與彌撒之本份；通告由教區主教公署秘書長劉偉傑司鐸發出。
截至今天（25日）中午12時，香港確診新冠肺炎病例13,034宗、213人死亡；澳門確診新冠肺炎病例79宗、死亡人數為0。
