对于香港的《逃犯条例》修订台湾教会也表关心。台湾基督长老教会总会教会与社会委员会、济南长老教会在6月12日香港警方于金钟清场当晚举办"护香港祈祷会"；参加者有留台香港学生及移居台湾港人等。
祈祷会包括几方面：为香港司法独立、受伤的示威者、议员阻挡修正案通过、世界关注该条例引伸的公民行动等。
为香港台湾两城祈祷
护香港祈祷会发起人、济南长老教会牧师黄春生期望公义照耀香港，包括执政者和警察面对反对声音的时候，以神的公义面对异见者，并不是看他们为仇敌。
黄春生也为香港这城市百姓求平安，他相信上帝成为香港人的避难所和逃城。他担心《逃犯条例》修订一旦通过，不但影响香港司法、人权、民主自由，破坏一国两制的精神，更加连同台湾人也受影响，例如在转机、求学、工作都可能被中国认为是罪犯，引渡到国内受审，因此该条修订条例亦会波及台湾人民。
他呼吁台湾人民代祷守望，认为每个遭遇苦难受逼迫的灵魂，教会都应该去关爱。黄春生直言，从前是新疆、西藏被打压，今天是香港、明天是台湾。因此香港现时一国两制被破坏的危机，台湾不能视而不见，一厢情愿地对中国大陆抱著不实边际的期望。
盼香港教会当"逃城"
对于香港教牧回应大是大非的社会议题，黄春生感到惋惜，有些教会没有基于信仰勇敢站出来发声，他期望教会能够担当声援的角色，成为和平示威者、被政权驱赶的时候的"逃城"。
长老教会总会教社干事林伟联认为，香港司法独立权、自由民主被《逃犯条例》修订蚕食并感忧心。他呼吁台湾教会及基督徒一齐举起双手，为香港城市及人民祈祷，祈求上帝保守旅居台湾港人的家庭在香港得平安。
台湾教会声援香港游行
台湾教会早前也声援香港6月9日100多万市民上街游行反对《逃犯条例》修订。
当日台湾有教会举办圣灵降临节反送中公义祈祷会，为香港祈祷及祈盼中国实现民主，有百多名在台湾求学的学生参加。
当日黄春生也在场鼓励会众关心香港，其所属的济南长老教会也连同台北、台中、台南的长老教会一起为香港祈祷。
该次祈祷会在6月9日下午在台北二二八公园、台中公园更楼、台南二二八公园三地同时举行，由台湾处境查经班、Fridays For Future、台北公义行动教会、台中公义行动教会、台南公义行动教会等主办，台湾教授协会、公投护台湾联盟、独立青年阵线、基进党台北市党部、自由台湾党等协办。
