對於香港的《逃犯條例》修訂台灣教會也表關心。台灣基督長老教會總會教會與社會委員會、濟南長老教會在6月12日香港警方於金鐘清場當晚舉辦「護香港祈禱會」；參加者有留台香港學生及移居台灣港人等。
祈禱會包括幾方面：為香港司法獨立、受傷的示威者、議員阻擋修正案通過、世界關注該條例引伸的公民行動等。
為香港台灣兩城祈禱
護香港祈禱會發起人、濟南長老教會牧師黃春生期望公義照耀香港，包括執政者和警察面對反對聲音的時候，以神的公義面對異見者，並不是看他們為仇敵。
黃春生也為香港這城市百姓求平安，他相信上帝成為香港人的避難所和逃城。他擔心《逃犯條例》修訂一旦通過，不但影響香港司法、人權、民主自由，破壞一國兩制的精神，更加連同台灣人也受影響，例如在轉機、求學、工作都可能被中國認為是罪犯，引渡到國內受審，因此該條修訂條例亦會波及台灣人民。
他呼籲台灣人民代禱守望，認為每個遭遇苦難受逼迫的靈魂，教會都應該去關愛。黃春生直言，從前是新疆、西藏被打壓，今天是香港、明天是台灣。因此香港現時一國兩制被破壞的危機，台灣不能視而不見，一廂情願地對中國大陸抱著不實邊際的期望。
盼香港教會當「逃城」
對於香港教牧回應大是大非的社會議題，黃春生感到惋惜，有些教會沒有基於信仰勇敢站出來發聲，他期望教會能夠擔當聲援的角色，成為和平示威者、被政權驅趕的時候的「逃城」。
長老教會總會教社幹事林偉聯認為，香港司法獨立權、自由民主被《逃犯條例》修訂蠶食並感憂心。他呼籲台灣教會及基督徒一齊舉起雙手，為香港城市及人民祈禱，祈求上帝保守旅居台灣港人的家庭在香港得平安。
台灣教會聲援香港遊行
台灣教會早前也聲援香港6月9日100多萬市民上街遊行反對《逃犯條例》修訂。
當日台灣有教會舉辦聖靈降臨節反送中公義祈禱會，為香港祈禱及祈盼中國實現民主，有百多名在台灣求學的學生參加。
當日黃春生也在場鼓勵會眾關心香港，其所屬的濟南長老教會也連同台北、台中、台南的長老教會一起為香港祈禱。
該次祈禱會在6月9日下午在台北二二八公園、台中公園更樓、台南二二八公園三地同時舉行，由台灣處境查經班、Fridays For Future、台北公義行動教會、台中公義行動教會、台南公義行動教會等主辦，台灣教授協會、公投護台灣聯盟、獨立青年陣線、基進黨台北市黨部、自由台灣黨等協辦。
