週一美國國務院發表了2009年度《國際宗教自由報告》，中國再次被列入「特別關注國」名單，而受基本法保護的香港特別行政區則未有收到宗教歧視的報告，顯示宗教自由普遍獲尊重。

代表發表報告的美國國務卿希拉莉.克林頓（Hillary Clinton），主要讚揚國際跨宗教交流有進展；一些國家包括中國、北韓、緬甸、厄立特里亞、伊朗、沙特阿拉伯、蘇丹、烏茲別克均被列入「特別關注國」名單。雖然報告肯定中國採取過一些積極措施使宗教自由稍有改善，但中國仍是全世界違法宗教自由最嚴重的國家之一，與阿富汗、伊朗和北韓三國並列。

中國政府侵犯未登記宗教團體之權利

《國際宗教自由報告》指出，中國官方讓人民在一定的程度內享有憲法規定的宗教自由，對有關宗教作出信仰選擇。過去一年，有見政府對一些未向登記但認為不具威脅的宗教團體有所放寬，增加了他們活動的空間，並且在「愛國宗教委員會」的框架內促進佛教、道教和一些民間宗教的發展。可是，報告批評中國嚴重侵犯未經登記的宗教團體成員的權利。

報告列出多項中國政府有組織地打壓宗教的例子，包括拘留地下教會神職人員及信徒、嚴密監視地下教會人士。最明顯的例子是北京方舟教會創辦人余杰，在今年2月因為美國國務卿希拉莉訪華而受到監視。

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報告中提及到越來越多中國共產黨官員參加宗教活動，最常見的是佛教或者民間宗教，還有不少共產黨員成為基督徒。美國皮尤論壇早在2005年進行的一項調查分析顯示，33%中共官員和政府職員非常或相當對媒體提供有關宗教的信息感興趣。

香港分析員認同：中國對宗教採取區別對待策略

《美國之音》就報告訪問了香港中國問題分析人士何亮亮，他認同報告「對中國宗教情況的檢討，大致上符合事實」。他補充說，中國官方對宗教問題現在採取的態度不是一概而論，而是「區別對待」的策略。

針對報告指中國官方對一些未向登記但認為不具威脅的宗教團體有所放寬，他分析說：「中國政府已經開始認識到，宗教對於人民是很重要的，人民需要宗教。所以他們對於比較溫和的宗教，比如像道教、佛教，也包括基督教會，可以說管理是比較鬆散的。」

「我覺得這是區別對待，對於那些不鬧事，不威脅到政權的地下教會，也未必打擊。但是如果超出了他們容忍的界限，可能會採取一些限制的措施，但是基本上不會用一種趕盡殺絕的辦法；因為現在中國各地政府都要把『維穩』——維持穩定，看為一個很重要的任務。如果由於宗教問題導致了不穩定的話，實際上地方官員是會受到處分的。因此，他們對於地下教會的處理還是比較慎重。」

有指更多中國政府官員和共產黨員表現個人對宗教的興趣，何亮亮認為現在的中國和30年前有很大差別，共產主義已經不再是被看為一種「信仰」了，而不少的黨員其實還是在尋找某種信仰。

特別行政區香港、澳門受基本法保護宗教自由

《國際宗教自由報告》確認，已經回歸中國的兩個特別行政區香港和澳門，按基本法所規定享有宗教自由，而其他的法制和政策，亦確保人民可以自由宗教崇拜。兩地政府基本上也尊重宗教自由，社會上亦沒有宗教歧視。香港六大宗教組織更一直有所交流和合作。

《國際宗教自由報告》是美國國務院根據1988年通過的《國際宗教自由法》，每年向美國國會提交該年度報告，評估世界各國的宗教自由。今年的報告記錄了從2008年7月到2009年6月一共198個國家的宗教自由狀況。報告完成評估程序後，美國國務卿會發佈宗教自由不佳的「特別關注國」名單，並與相關國家磋商，試圖改善當地的宗教自由條件。