正當中國國內的宗教迫害在海內外日益引起關注時，中國當局要求宗教團體抵禦境外利用宗教進行的滲透，並加強對中青年教職人員的教育培養，使他們與黨和政府團結合作。據1月22日中國中央電視台新聞聯播報道，中共中央政治局常委、全國政協主席賈慶林當天邀請全國性宗教團體負責人到中南海座談，並在講話中要求宗教團體「適應對外開放的新形勢和新特點，堅定不移地貫徹獨立自主自辦原則，切實抵禦境外利用宗教進行的各種滲透，維護國家安全和社會穩定」。賈慶林又在最後強調說，培養新一代宗教教職人員是一項緊迫任務，要使中青年教職人員與老一輩宗教人士一樣，「愛國愛教，與黨和政府團結合作」。而在美國之音記者所作的訪問中，中國河北得到官方認可的「北方進德——天主教社會服務中心」冀雷海神父表示，政府所指的「海外滲透」並沒有明確的定義。「一般他們指的就是利用宗教組織來搞其他的社團活動，或者是對中國政治經濟有不利影響的事情，」他說。「一般在我們這裏遇不到這種情況。」河北石家莊地區一間地下天主教會的董神父則說，只要政府不干涉宗教自由，他們就不會反對政府。不過他亦堅持說，天主教會的最高領袖是教宗而非政府：「我們教會從信仰上是完全服從梵蒂岡領導的。按教會的規矩來說是教友聽神父的，神父聽教宗的」。

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中國從1949年共產黨執政後逐步切斷了國内宗教團體與海外的聯係，其基督教和天主教的「三自」運動就是「自傳、自治、自養」：自傳，指完全由本國教會的傳道人傳教，由本國教會的傳道人負責解釋教義；自治，指教會內部事務獨立於國外宗教團體之外；自養，指教會的經濟事務獨立於政府財政和國外宗教團體之外。中國的天主教也實行自選自聖主教制度，將梵蒂岡任命主教視爲干涉中國内政。不過，隨著中國經濟日益對外開放，宗教方面的對外聯係也越來越多，但中國政府依然嚴格限制信徒與海外宗教團體的非官方聯係。2004年8月，三名基督徒劉鳳剛、徐永海和張勝其因透過互聯網向美國一家基督教雜誌提供浙江家庭教會受迫害的情況，而被分別判刑1至3年，罪名是「非法提供國家情報」。得到國際聖經公會幫助而印刷數十萬冊聖經和基督教書籍的蔡卓華牧師，被捕之初案件也曾被定性為「特大境外宗教滲透案」。天主教方面，2005年先後有三名天主教輔理主教據稱得到中國政府和梵蒂岡的共同承認而祝聖，不過由於梵蒂岡堅持在中國推動全面的宗教自由、將官方及地下天主教會一視同仁等態度，中梵建交雖有梵蒂岡方面的熱情，卻至今無法取得實質性進展。中國外交部表示梵蒂岡必須先與台灣斷交，而梵蒂岡就表示台灣問題「不成問題」，他們可隨時將使館遷往北京，真正的障礙其實是宗教自由問題。