香港中國神學研究院在多方強烈關注下，5月19日在其網站www.cgst.edu首頁顯要位置發佈「余杰到訪 取消因由」，表示取消余杰等人訪港聽課的安排並非由於受到政治壓力，只是為避免傳媒高度關注對學習造成的干擾。日前來到美國華盛頓出席「中國自由高峰論壇」的余杰、李柏光、王怡等人，5月11日在白宮受到布殊總統的接見，三人在會見中對只到過中國官方「三自」教會的布殊總統分享了中國家庭教會面臨的處境、以及家庭教會信徒透過法制和平推進宗教自由的計劃等内容。5月12日，余杰在美國對華援助協會網站上發表公開信，表示自己與布殊總統會見後不久即收到香港中神的電郵，内稱「鑒于近日引起廣泛關注的某些國際事件」，中神決定「暫時取消」他原定六月到港訪問研究的計劃。同時，李柏光也收到了内容一模一樣的電郵。余杰在公開信中表示，此事表明「香港正在變得越來越像大陸」，不僅「讓學術自由蒙羞」，更「讓神蒙羞」。他要求中神公開道歉，並賠償他和李柏光二人準備赴港的一切費用。 這起事件引起香港及國際基督教界及輿論界的廣泛關注，包括神學家、政治家及傳媒在内都紛紛表示中神此舉有損學術自由，並對香港教會的自我審查日趨嚴重、特區一國兩制遭到破壞感到憂慮。

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中神院方及向余杰發出電郵的中國研究中心代主任姚西伊博士，在5月12日至15日期間接到大量來自傳媒的查詢，但他們均不願對此解釋因由，只說「事件已告一段落」。5月15日，中神院長周永健向學生發出電郵解釋余杰事件，内中只強調學院並未受到外界壓力。中國研究中心主任楊慶球博士同日接受自由亞洲電台訪問，表示向余杰道歉並願意賠償損失，但否認事件涉及任何政治因素。中神在今天發出的文章中再次強調「受到壓力」或「危害學術自由」等評論純屬傳媒誤會，「並無事實根據」。中神又表示珍惜與余杰的主内情誼，並盼望日後再有機會邀請他赴港訪問。以下是中神今日所發的全文：余杰到訪 取消因由本院原定邀請基督徒作家余杰先生於六月中旬到訪，現取消此項安排，因由如下。事緣今年三月余杰先生在港時，向本院中國文化研究中心主任楊慶球博士表示希望對神學有更深入的認識，楊博士遂安排他於六月中來港，旁聽神學課程。本院亦邀請余先生的三位朋友前來聽課。余先生等人訪美會見布殊總統後，院方即時考慮到在這個時候來港，極可能會引起傳媒高度關注，對學習造成干擾，於是決定取消今次旁聽的安排。當時楊慶球博士不在港，由研究中心代主任姚西伊博士致函余先生，表示目前到本院不是適宜的時間。余先生其後發表了公開信，引至教內教外強烈反應，傳媒更誤指本院受到政治壓力或自我審查，危害宗教自由及學術自由。此等評論並無事實根據，本院深感遺憾。本院在發函余先生前未有事先與他直接溝通，取得其諒解，實有不當之處。本院非常珍惜主內情誼，若此事對余杰先生及其朋友造成任何傷害，本院深表歉意。盼望日後有機會再邀請余先生前來訪問。本院邀約在先，余先生及其朋友為此行曾支付的簽證及旅費等費用，本院理當承擔。