12月20日，美國賓夕法尼亞州的一個聯邦法院作出判決，裁定「智能設計論」不能作爲科學理論進入公立學校課堂。這個判決結束了智能設計論與進化論20多年來的首次正面交鋒。

負責該案的法官約翰•瓊斯在判決中表示，賓州多佛學區教育委員會下令教師在課堂中提到智能設計論的行爲違反了憲法。「在我作出判決的時候，我們已經討論過智能設計論究竟是不是科學。結論是：它不是科學，而且它和神創論如出一轍，那麽它實際上是宗教。」瓊斯在判詞裏這樣寫。

智能設計論認爲，達爾文的生物進化論並不能充分解釋生命的起源。世間生物構造複雜而奇妙，並且在很長一段時間都沒有再進化，因此它們並非經過自然選擇的產物，而是由某种超級智慧設計而成。不過，智能設計論並沒有確定創造者的身份為何，因其不能通過科學手段得到驗證。

多佛學區2004年10月起要求屬下學校的老師在9年級生物課上向學生宣讀一份聲明，説明在生物起源方面，達爾文的進化論並非證據確鑿，而是仍然存在著很多缺陷，同時，在進化論之外還有「智能設計論」，並向學生推薦智能設計論的參考書。此舉在當年12月遭到了該學區的11名家長及美國民權聯盟的起訴，他們認爲這種做法等於是在公立學校宣揚神創論，違反了美國憲法規定的政教分離的原則。

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儘管智能設計論的支持者在法庭上作證時指出，智能設計論單純建基於對自然界的觀察經驗，因而算是科學理論，法官瓊斯仍然表示，雖然進化論還不是盡善盡美，但這並不能成爲「一個無法驗證、源於宗教的假説走進科學課堂、歪曲業已建立的科學體系的理由」。

瓊斯還在判詞中提到多佛學區教育委員會成員亞倫•彭賽在作證時被發現説謊的事。彭賽在案件開庭宣誓時曾表示，除了他的父親之外，他不認識任何涉及為學校圖書館購買智能設計論書籍的人。但他在聆訊過程中又自相矛盾地說，另一名教育委員會成員曾經從教會中收取850美元的奉獻，並將奉獻交給他買書。

瓊斯語帶諷刺地寫道：「這幾個人向公衆堅定而自豪地兜售他們的宗教信仰，卻一而再地靠謊言來遮掩他們的行蹤、隱瞞智能設計論政策背後的真正目的。」

這次的判決並沒有完全禁止公立學校教授智能設計論，但規定該理論不能進入科學課堂，多佛學區的教師也不能在課堂上宣讀介紹智能設計論為另一種物種起源理論的聲明。

目前，美國已有堪薩斯、俄亥俄等幾個州開始在公立學校裏教授智能設計論，伴隨而來的是連串關於智能設計論是科學還是宗教、能否作爲達爾文進化論的另一種選擇被教授給學童的爭論。而賓州法庭這次作出的裁決無疑將成爲今後全美各州類似案件一個十分重要的參照。