新教宗本笃十六世上任後，梵蒂岡與中國大陸及台灣的關系再次成爲各方關注的焦點。羅馬天主教香港教區主教陳日君表示，他希望新任教宗本笃十六世能改善梵蒂岡教廷與中國之間的關系。他又說，無論哪個教宗，都很關心與中國關系改善的問題。

中國在1951年與梵蒂岡斷絕了外交關系，在國內建立「天主教愛國教會」，拒絕承認教宗的權威，規定天主教徒只可在愛國教會參加宗教活動，接受政府的領導。然而，目前中國國內的天主教徒據估計已達到數千萬之衆，除了五百萬在愛國教會登記的教徒外，還有一千多萬人在地下教會聚會崇拜，視教宗爲他們真正的領袖。

已故教宗若望保祿二世生前多次表達對中國天主教徒的挂念以及訪問中國的盼望，但一生未能如願。中國天主教愛國會與梵蒂岡亦一直沒有正式關系。

但梵蒂岡在過去幾年一直努力改善與中國的關系。除了若望保祿二世多次公開表示對中國的關心外，梵蒂岡的多位高層樞機主教也曾訪問中國。比利時樞機主教丹尼爾斯在若望保祿二世去世前不久還在訪問中國，並會見當地宗教事務官員。

本笃十六世當選次日，中國外交部發言人秦剛代表政府向新教宗表示祝賀，並說中國願意在兩條基本原則的基礎上改善與梵蒂岡的關系：一是梵蒂岡必須斷絕同台灣的所謂「外交關系」，二是梵蒂岡不得幹涉中國內政，包括不以宗教事務爲名幹涉中國內部事務。

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美國之音報道說，據香港天主教區秘書長李亮神父分析，「不幹涉內政」的問題基本上是任命主教的問題。中國政府一直拒絕讓梵蒂岡教廷直接在中國任命主教。對這一問題，李亮神父希望雙方各自讓步，梵蒂岡教廷讓大陸政府在主教的任命上有一定發言權，但最終的決定要來自教廷。來自智利的台灣聖言會會長葉德華則說，中國應該接受由梵蒂岡任命主教。台灣天主教團秘書長陳琨鎮神父說，教宗的職權包括任命每一個國家的主教，中國大陸不肯在主教任命權上讓步，確實是中梵建交的一大障礙。

香港教區主教陳日君則明確表示，如果中國想改善與梵蒂岡的關系，必須首先放棄對羅馬天主教廷的猜忌。

對新教宗當選表示「心情非常興奮」的中國天主教愛國會副會長劉柏年說，「新的教宗總有新的希望」。但他不願對主教任命問題加以評論，他表示，這個問題應由雙方政府談判。

此外，教廷反對墮胎及計劃生育的信仰立場也是與中國政府之間的沖突點。

而在梵蒂岡與台灣的外交關系問題上，陳琨鎮神父說，台灣教會已相當成熟，可以理解梵蒂岡希望天主教深入中國大陸的願望。此外，他表示台灣天主教界樂意看到梵蒂岡與中國建交後「借著信仰的力量來改變大陸」。

「梵蒂岡跟任何國家的建交不是以政治和經濟考量，而是由信仰的角度。當然這有政府和政府之間的關系，但是還要照顧到所有地方的教友。這是梵蒂岡建交的相當大的考量，」他說。

「信仰力量進入(人心)裏面時，在人內心産生的變化是無法形容的。我們看到教宗回到波蘭，在波蘭造成的影響，整個共産黨在東歐瓦解。事實上，大陸在這方面有他的顧慮。」

他最後說，他相信梵蒂岡會信守照顧所有信徒的原則，即使在未來與中國建交，梵蒂岡也不會放棄台灣的信徒。