关注人权问题的菲律宾全国教会理事会11月5日被菲律宾国防部列入恐怖组织名单，引起宗教界哗然，谴责政府进一步收窄言论自由的空间。
菲律宾国防部少将鲁本（Reuben Basiao）指控全国教会理事会（National Council of Churches in the Philippines）与"共产主义恐怖组织有联系"，将其组织列入黑名单。
全国教会理事会 促政府收回指控
全国教会理事会发出声明，谴责国防部的指控毫无根据，呼吁政府认真审查，收回指控，建设和平的社会。声明又指出，政府将理事会扣上赤色标签，阻碍其组织在社区提供紧急服务，进一步收窄教会在社区服侍边缘人士的空间，并且将威胁加诸于全国教会理事会的合作伙伴。
在信中，全国教会理事会表示，政府近期针对公民社会组织的袭击，肆意逮捕甚至杀害维权人士，将他们定性为恐怖分子和定罪，操控法律成为打压人权的武器。
菲律宾全国教会理事会成立于1963年，由非罗马天主教派组成的大公联盟。
宗教团体指总统禁毒战违反人权
对于菲律宾政府将全国教会理事会定性为恐怖组织，国内多个宗教团体分别发表声明谴责。
菲律宾主教会主教雷切尔·法默（Rachel Farmer）批评政府，将全国教会理事会及其他17个民间组织定性为共产主义恐怖组织做法不恰当。
全国教会理事会前秘书长、菲律宾中部主教区主教雷克斯·雷耶斯（Rex Reyes）发表声明指，该会从未进行秘密活动而且一直反对任何侵犯人权的行为，组织关心被社会边缘化、受压迫的弱势群体。作为基督徒团体，全国教会理事会一直高调指控政府的腐败、捍卫人权、正义与和平，按著圣经原则在世界履行公义。
世界教会理事会（World Council of Churches）秘书长奥拉夫·特维特 （Olav Tveit）强烈反对针对菲律宾全国教会理事会的指控，"我们声援哀悼亲人和生活的菲律宾人民，担心成为下一个受害者。呼吁菲律宾政府结束禁毒战争，采取措施追究那些进行法外处决的人，保护人权尊重上帝在该国所有人的平等尊严。"
特维特又指，"赤色标记"可能增加安全部队和民兵对所列人员的骚扰和袭击。他说："菲律宾全国教会理事会一贯反对菲律宾总统杜特尔特的『禁毒战争』，让安全部队在法外处决嫌疑贩毒者和吸毒者，几乎杀人不受惩罚。"
菲律宾全国教会理事会也一直主张救济穷人、少数族群和许多边缘化和弱势群体的权利。特维特担心神职人员和教友，以及菲律宾许多人权捍卫者成为攻击目标、被捕并面临报复的威胁。
亚洲基督教论坛（Christian Conference of Asia）秘书长马修斯·乔治·春卡拉（George Chunakara）表示，菲律宾全国教会理事会一直致力于人权宣导，见证基督，针对该组织的指控和"赤色标记"是可悲的。马修斯敦促菲律宾政府停止对宗教组织的打压。
根据官方数据，自2016年以来共5,300名嫌疑毒犯被警察杀害，但据维权人士称，实际数字将高出三倍。
联合国人权理事会呼吁菲律宾就人权状况提交报告，该报告将于2020年6月进行审查。2019年6月菲律宾政府拒绝联合国对政府打击毒品贩运政策为侵犯人权的调查，认为是对该国的干扰。
