日本基督教界也對此表示抗議，其中日本國家基督教協會的Seiji Suga牧師説：「小泉首相踐踏了日我們尊重和平與人民主權的願望。」
日本國內最大新教團體之一的日本浸信會議（Japan Baptist Convention）主席Hitoshi Taira牧師本月13號也曾經表示支持大阪高等法院上月的裁决。他説：「宗教自由、政教分離是所有人權與和平的保護壁壘。當這些被破壞的時候，其他各種形式的人權都會被花言巧語所侵犯，和平也會被破壞。」
這是小泉自01年4月份上任以來第5次參拜靖國神社。雖然日本大阪高等法院上月曾裁定：小泉參拜靖國神社違反憲法中政教分離的原則，但裁決不能阻止小泉繼續參拜。
此舉更帶來二戰受害國南韓與中國的不滿。南韓外長潘文傅傳召日本大使表示「深切遺憾與失望」。中國外交部發言人孔泉也對此指出，小泉的參拜行爲沒有遵守對中國人民、亞洲人民及全世界和平愛好者的承諾。中國《人民日報》的社論稱小泉的舉動是「對人類良知和國際正義的挑戰」。
小泉參拜靖國神社的第二天，日本许多報章紛紛發表社論作出譴責。其中《日本經濟新聞》表示此舉勢必嚴重損害日本與其他國家的信賴關係。
