事件招来各方批评声音，除信徒外，有其他地方的三自两会亦发声明声援三江教堂，连金陵神学院常务副院长陈逸鲁亦撰文批评政府做法。
金陵神学院常务副院长陈逸鲁：对人权的粗暴践踏
金陵神学院常务副院长陈逸鲁发文批评浙江政府"急于求成、强硬解决的手段不符合现代管理的原则和智慧，势必造成内伤"，又指做法"有损党政形象，有损党群感情，有损社会稳定，得不偿失，是个失败的施政例子"。
他又批评政府一意孤行，事前未与宗教事务部门、宗教群体及统战部等沟通协商，手法粗暴强硬，更"显出决策者的幼稚和自以为是"。
他亦批浙江政府软硬兼施威胁教堂负责人及守候教堂人士的家人无异于"诛九族"，违反现代法律精神，是"对人权的粗暴践踏"，又写道："他们是想解决违建的问题，他们却已经违规和违法了。他们的做法除了给人感到粗暴和强硬之外，毫无现代管理智慧可言。"
他更指三江教堂事件"是建国以来，使政府和信教群众处于对立状态的最严重的事件之一"，又指令当地基督教两会失去沟通政府和团结信徒的职能，其政治损失和对基督教两会损失都无法估量。
鹿城区基督教两会：严重伤害信仰感情
鹿城区基督教两会在强拆前一日发表倡议书，指因"政府强拆三江教堂十字架事件，使我们的信仰感情受到严重的伤害，两会形像、名誉等受到损害"，他们将"全体常委做出集体辞职的无奈选择"，态度坚决。
温州凤卧基督教会：使政教关系陷入僵局
温州平阳水头牧区凤卧基督教会在28日亦发表关于"强拆十字架事件"的声明，指三江教堂事件"震惊中国乃至全球各地，极大伤害基督徒群众的信仰感情"，又批评政府强拆事件不断升级"激化矛盾，使政教关系陷入僵局"。
凤卧基督教会更声明若强拆十字架事件继续升级，政府相关部门和基督教两会无任何改善作为，他们将决议"退出三自，弹劾两会，诉诸法律"。又称"只要有任何教堂或十字架将被强拆，我会愿意尽力驰援"
