台湾基督教媒体对此次两岸教牧聚首做了正面报导，称其为两岸教界的"盛会"。新生命小组教会脸书也及时更新论坛进展，图文记录"历史上的一刻"。
而另一方面，"两岸基督教论坛"（"论坛"）自始至终都处在质疑声中。
当地时间8月30日上午，台湾长老教会与中国家庭教会代表召开新闻发布会，批评中国三自教会藉"两岸交流"之名，实为在台湾实行"统战"。
郭宝胜牧师在发布会上代表中国家庭教会发言，他指出，此次"论坛"没有中国家庭教会代表，是中共当局实施对台湾宗教统战的重头戏，更是"从宗教统一达到政治统一"的战略工具。
于迦勒牧师代表"中国福音会"发言，他呼吁中国政府承认中国家庭教会存在的事实，尊重基督教信仰的正统性，还家庭教会与信徒自由与合法地位。他还呼吁出席"论坛"的台湾教牧在与中国"三自教会"往来方面适可而止。
台湾基督长老教会部份牧长收到"论坛"邀请函时，难以决定是否要参与。
7月9日，台湾基督长老教会总会议长竟a丰和总干事林芳仲公开发布"台湾基督长老教会对两岸基督教论坛之牧函"（"牧函"），重申台湾基督长老教会对中国教会的理解为：除了同为普世教协会员教会的中国基督教协会外，也不能漠视家庭教会的存在事实；中国基督教两会（中国基督教协会与三自爱国运动委员会）自称为『接受共产党领导，热爱社会主义祖国』，是『爱国爱教的团体』，而家庭教会则有不同的属性。
"牧函"提醒：中国基督教两会仍具有浓厚的统战意识，目前并不适宜私自与之接触，我教会不宜参加"两岸基督教论坛"。
在论坛27日议程结束之后，对华援助协会（ChinaAid）也发文抨击，认为此次"论坛"并不具代表性。
中国三自爱国运动委员会主席傅先伟在论坛开始说，他代表大陆2千万基督徒向台湾基督徒问好。对华援助协会指出，2千万这个数字只是中国三自教会信徒的数量，而将近4、5千万家庭教会信徒完全被无视，被抛在"论坛"之外。
对华援助协会亦提出，参与"论坛"的台湾教牧人员只是台湾教界的一小部份，不具有广泛代表性。
