2006基督徒合一祈禱週將從1月18日正式開始，一直進行到1月25日。今年祈禱週的主題是「上主在我們中間」，引自馬太福音18章20節：「因爲無論在哪裏，有兩三個人奉我的名聚會，那裏就有我在他們中間。」
選擇該主題的愛爾蘭基督教合一團體表示，他們希望透過這處經文，「讓人們注目耶穌——我們合一的源頭」，並強調「兩三個人在基督的愛裏聚集在一起，這樣一個簡單的場面，象徵著在分裂的人們和羣體之間建立聯係」。
更重要的是，「對未來的盼望、現在的和平、和解都必將與過去痛苦的回憶……纏雑」，他們希望，雖然世界上存在著種種差異，但所有的基督徒都可「利用禱告週的資源，在共同祈禱和互愛當中彼此諒解」。
基督徒合一祈禱週在1968年由普世教會協會和羅馬天主教會首次聯合舉辦，傳統上每年北半球的活動都會在1月18至25日之間進行，而南半球國家則可能選擇其他時間，如五旬節舉行。今年合一祈禱週的相關資料可在普世教會協會網站下載，其中包括對主題的闡釋、合一禮拜程序、社會文化背景、對聖經的默想理解等内容。
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