青少年牧養一直是教會關注的事工之一，但有研究調查發現59%基督徒在15歲後就離開教會，歸納原因在於教會限制過多、基督教排外、教會對性議題充滿批判、對懷疑信仰的人不友善等。
教會與信徒生活沒關聯
為深入探索年青基督徒信仰發展及在社會面臨的挑戰，民調機構巴納（Barna Group）展開一項名為「5年研究計劃」（five-year project），計劃由8個國家共同參與，研究對象包括採訪青少年、家長及資深牧者等了解年青人離開教會的原因。調查發現59%的青少年15歲後不再到教會，並歸納出6個主要原因。
報告指出，「教會限制過多」是首因，四分一介乎18至29歲的受訪者表示，基督教把他們平常所做的事及教會外的一切事物妖魔化，教會沒有考慮到現今世代的情況，對年青人喜好的電影、流行音樂和電玩等事情過度干涉，並且經常以聖經中的刑罰審判恐嚇信徒。
其次的原因依次序是，到教會很無聊；信仰跟他的職業不相關，也不是他的興趣；搞不清楚聖經講什麼；講得不夠多；從來沒有在教會中經歷過上帝。
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報告指出，第三個原因是教會與科學互相對立。四分一認為基督教是反科學；三分一受訪者認為教會與現實生活中的科學已脫節；35%的人覺得基督徒太過自信
以為自己知道有關世界所有的答案；23%的人認為教會不允許信徒針對進化論與創造論來討論。
報告又指出，40%的受訪者認為教會教導有關性的議題落伍過時，17%的年青基督徒感到犯了錯後被教會的人指指點點。研究指出，對許多年青基督徒來說，最主要的內心衝突是如何在大環境中過著教會所期待的聖潔生活，但大部份年輕基督徒的性生活與非基督徒一樣，不能分別為聖。
還有一個原因是，年青人不喜歡基督教排外。美國的年青人已經形成一種尊重、包容、開朗與接受不同事物的文化，因而對於性、宗教、權威科學等妥協，為了找到彼此間的共同點掩蓋真正的差異，或在某種程度上向對方的想法妥協。
故此，有29%的受訪者認為教會害怕其他宗教信仰，並且強迫他們在信仰與朋友之間做出選擇；22%受訪的「前基督徒」認為教會像一個只歡迎業內人士的俱樂部。
最後，報告表示，已離開教會的受訪者覺得教會不容許人表達懷疑和接納他們。至於其餘離開教會的原因是教會提供不到幫助，例如生活壓力；解答信仰疑問、情緒問題、人際關係等。
教會只顧磨麵粉
在香港年青人離開教會亦是教牧著緊的問題，有教會傳道陳重鈞在「信仰百川」發文表示，過去二十年教會進行多樣福音遍傳運動，有半數30歲以下的年青人曾上過教會，但進入教會後生命停滯不前，當在教會內外遇上困難，而信仰回應不到人生答案就會離教。
他指出，信仰是一個「研經、造神學、造生命或磨練生命、實踐、轉化社會」的過程，他將這個過程比喻作「磨麵粉、造麵包、派麵包」的過程，可惜教會現況是每週不斷在磨麵粉，造麵包的人很少，因而信徒的神學訓練和靈命都差，更少人去派麵包，而很多教會精英只是在追求如何磨更上等的麵粉，甚至連教導磨麵粉的人本身都饑餓。
他認為，磨麵粉磨到夠用清楚準確便足夠，應花多些時間造麵包和派麵包，教會就不一樣。
