简单来说，科学方法包括下列步骤：
1. 观察各种现象(OBSERVATION OF PHENOMENA)
2. 提出假说去解释现象(PROPOSAL OF HYPOTHESIS)
这些假说通常包括数学的模式(MATHEMATICAL MODEL)，将现象数量化(QUANTIFY)。
3. 做实验去证明(EXPERIMENTS) 从数学模式所计算出来的结果，与实验的结果比较，若果吻合，这假说就被接纳为证明的理论。
4. 理论(THEORY)被证明的假说才称为理论，未被证明的只可称为假说(HYPOTHESIS)。理论能解释越多的现象越好，甚至能预测还没有观察到的现象，直到有新的现象出现不能解释，就要寻求新的理论，开始另一个新的步骤；
观察 → 假说 → 实验 → 理论
↑
← ← ← ← ← ← ← ← ←
II. 何谓"证明"？
按上述讨论，"证明"就是用实验去确定"假说"是对的，然而，不是每一门学科的"证明"都是一样。
1. 自然科学(NATURAL SCIENCES)如物理、化学、生物学科等，其假说都是用实验去证明。这些实验无论在什么时候，在地球那一角落进行，结果都是一样的，并且可以重复地去进行。
2. 社会科学(SOCIAL SCIENCES)如心理学、社会学、人类学、政治学等。这些学科的证明，在不同的角落，可能有不同的结果，因为影响的因素太多，无法逐一控制。如在社会学中，文化、宗教，甚至水土、食物，都可以是影响的因素。故此，这等学科的理论，多不能以绝对的或百分之一百的结果去表达，多以百分率去表达；亦即是说，有些情形不是这样的。
3. 历史学所处理的资料是已经过去的事情，所有的结论都不能重复一次去证明。就算我们有确实和完全的记载，也只能假设昔日人的心理、生理等与我们今天一样，从而去作推论。这与自然科学再重复实验一次的证明，有很大的分别。今天你我在某种情形下会这么做，但昔日某人是否会同样这么做，是不能百分之一百肯定的，有很多人的心理是不能以常理去推测的。
4. "证明"的主观性：
上述的的讨论让我们看到，在自然科学中的证明，是绝对客观的，因为"证明"的标准对任何一个人都是一样的。
社会学科的证明就有所不同，实验结果的百分率要高到什么程度才算是证明？这个百分率的确定包括了人的主观性在其中。
在历史学中，肯尼地总统(KENNEDY)被刺杀的案件是说明主观因素影响了接受"证明"的结果的好例子。华伦大法官所主持的调查委员会之结论认为只有一个枪手奥斯华单独行事，但不少学者和一般人士仍不接受这个结论，认为肯尼地总统的死是一些阴谋的结果。O.J.森逊(O.J. SIMPSON)的案件是另一个好例子去说明"证明"的主观性，同样的证据，但两个不同的陪审团(刑事与民事)作出完全相反的结果。
"进化论"是宇宙来源的一种假说，它描述已经过去的事情，无法重复，因此是不能经上述科学方法去做实验
加以证实。科学家只能以观察到的现象，加以引伸作结论，去相信进化是一个历史的事实。问题的关键在于
这些现象足够吗？引伸的过程合逻辑吗？这就是"进化论"被证明的主观性之所在。
进化论是什么？
(1) 达尔文之贡献
在他之前，进化的观念已存在多年，不过不是用进化这个名词，他最大的贡献是提出一套进化的方式(MECHANISM)，称之为"物竞天择说"(NATURAL SELECTION)，或译作"天演论"。1859年他出版"自然淘汰引致物种起源"(THE ORIGIN OF SPECIES BY MEANS OF NATURAL SELECTION)，解释环境之影响和需要，促使生物进化产生新的物种和形态。
(2) 特殊进化论(或微进化)(SPECIAL THEORY OF EVOLUTION)
指同种生物中可以观察到的变异现象，是由于基因(GENES)在物竞天择的作用影响下突变(MUTATE)的结果，达尔文提出他所观察到的现象，作支持进化之说，都是微进化的证据，但微进化并没有使新的物种(SPECIES)出现。
(3) 普通进化论(GENERAL THEORY OF EVOLUTION)或作合成进化论，引伸微进化的观念致所有生物。认为地球所有生物皆同一辙。由无机领域中经过一些物理和化学作用，促使无机分子碰撞而产生了复杂的有机分子，继而在"天演作用"(NATURAL SELECTION)的影响下，由有机分子演变为单细胞生物，续而多细胞生物。
此进化的动力式(MECHANISM)，是"天演作用"。它是偶然的(RANDON)，没有特别的设计与目的。只是在物竞天择，适者生存的驱使下，基因为适应而突变，产生出新的物种。
进化论的前设(PRESUPPOSITION)或译作"预设"
(1) 物质的自存与永恒
(2) 进化论的支持者反对设计和设计者的论调，因为他们假设所有生物的来源完全是／单纯是透过自然的过程(PURELY NATURALISTIC MEANS)。这种过程他们称为"天演作用"(NATURAL SELECTION)，非常广泛的描述，没有细节的步骤：物竞天择，适者生存，基因突变。
然而当他们反对在学校教导"创造论"的时候，他们却说这"神"的观念是宗教的范畴处理的，非科学的范围之内所处理的，既然这样，这些人士怎能这么肯定地说，生物的来源单单是从自然过程而来，而没有超自然的因素呢？他们根本不知道，他们只是假设没有超自然的因素存在而已。藉著假设去否定超自然领域的存在，不是科学的态度。
进化论之证据
(1) 地球年龄久远
进化需要很长的年日，科学家用放射性物质的半衰期(HALF LIFE)和地质学中地层的结构去确定
地球年龄很长久。
(2) 古生物化石的证据(FOSSIL RECORDS)
不同时代的生物不同，并且好像越来越进步。
(3) 结构人类学上的证据
比较原始人之化石及现存生物及人类(如大、小猩猩等)的头赶届B上颚、牙床结构等，从而结论某些生物是人类的先祖。
(4) 生物地理学上的证据(BIOGEOGRAPHY)
这一些就如达尔文在南美及格披拉高斯群岛所观察到的现象：鸟、花、植物等为适应不同的环境，产生结构上不同的特征，即是说，有微进化论 — 生物界有有限度的变异。
(5) 比较结构与
用上的证据(COMPARATIVE STRUCTURE & FUNCTION)比较细胞构造与
用；比较大体解剖学心脏、脊椎等之
用和构造的相似；比较胚胎发展过程之相似。
(6) 分子生物学与遗传学上证据
比较去氧核酸DNA之相同构造和作用。
比较基因的表现(GENE EXPRESSION)和基因暗码(GENETIC CODE)之普遍性而结论众生物同出一源。
(7) 突变(MUTATION)实验是微进化的证据之一
无机物(INORGANIC)在实验室中经过高温、高能量和高压而产生有机物(ORGANIC)。
进化论证据不足
(1) 缺乏中间型的化石存在，所谓"失落的连系"(MISSING LINK)
若进化论是真实的，那么必定有千万种的中间型曾经存在，然而至今只有少数不明显的所谓中间型的化石出现。
(2) 逻辑推论的错误：
A. 必须有的证据不等于足够的证据(NECESSARY EVIDENCES ARE NOT SUFFICIENT EVIDENCES)。若有进化，那必然有相同之处；但有相同和类似的地方，不等于有进化。相同与类似可以是出自一位造物主(如一个画家的画，或一个建筑师的建筑物)。
B. 有微进化不等于有广进化(MICRO-EVOLUTION DOES NOT IMPLY MACRO-EVOLUTION)。将微进化的证据加以延伸(EXTRAPOLATE)，用来证明广进化，其实是极不科学化的。
C. 在实验室中能够做出来的结果，不等于在千万亿年前的太空中曾经发生，或会发生。
(3) 实验证据之不足
A. "突变"(MUTATION)的变异，并没有产生新物种。
B. 很多时，实验"突变"的结果是退化的，而不是进步的。
C. 到目前为止没有人能在实验室中从有机物造出生命。
那么在自然界中无目的无智慧的力量盲目的带引之下，竟然有生命之产生，实在是"神迹"。相信有这样的可能不是根据科学／逻辑的结果，而是一种信念。
(4) 进化的可能性"或然率"(PROBABILITY)很低，其发生一次的可能性需要比宇宙更长的时间。
试想做一只会飞的鸟，每一部份必须配搭恰到好处才能成
。同样地，若进化是真实，每一个细胞进化的程度、速度等恰到好处，并且要与千千万万其它细胞的进化配搭得合适，才能成进化成一只鸟。在无计划、无目的、偶然的(RANDOM)情况下，这样的进化是绝对不可能的。用"或然率"(PROBABILTY)计算，需要比宇宙存在更长时间才能有机会偶然发生一次，眼睛又是另一个例子。进化论的说法却认为这种情形不断的发生，结果产生这么多的物种，怎有可能呢！(5) 进化论与热力学第一及第二定律直接相冲突(参里程著"游子吟"14-146页)
A. 热力学第一定律说：质能不能被创造也不能被消灭，也就是说，宇宙不能自己开始。热学第二定律说：宇宙必定有一个开始。这样，宇宙只能有一个不受第一律支配的超然开始。这样的开始不可能是自然进化的。
B. 热力学第二定律告诉我们，宇宙是在退化之中。若果进化是宇宙的普遍现象，那么在宇宙中一定有一个宏大的指今系统和能量转化系统，使万物能逆热力学第二定律，由无序到有序，由低级到高级不断地进化。但是，提倡进化论者不能在宇宙中找到这样一个系统。
结论：
接受进化论者说进化论是已被证实，其实是他们把证明的标准降到很低，所以说有足够的证据，差不多等于说一个人在凶案发生的房屋门外经过，所以证明他是凶手。所以，"进化论"最多只能以"运作的假说"(WORKING HYPOTHESIS)看待，而不是已被证明的理论。
附注：对猿人骸骨的解释
1. 这些骸骨不是完全的，另一方面，从来没有见过这些猿人，那么考古学家怎样去将整个猿人的外貌构造出来呢？他们在构造的过程中已经假设了进化的存在，然后又用这些构造的结果去证明进化论，这是循环的论证，不合逻辑。
2. 不同年代的猿人骸骨之不同之处，只能证明有微进化，不等于有广进化。
3. 按圣经所记载(创2:7)，人是神特别创造的行动所造的，并且他是有灵的活人，这是人的定义。
猿人在外表上可能与人相似，但他们不是有灵的活人，我们可以看他们为神所造的动物之一。
有关批判"进化论"的书：
"游子吟"里程著；使者协会出版。
"审判达尔文"(DARWIN ON TRAIL) PHILLIP E. JOHNSON著，钱锟等译。
