呂牧師見證基神是一所很重視禱告的神學院，喜見學院師生願意在禱告中經歷神的工作，每天不斷地被提醒，這成為41年合神心意的傳統，也是自身一大優勢。
他指出，禱告不能只有神學理論的論述，更需要完成身體力行的操練。因為禱告既是名詞，也是動詞。渴慕親近神與經歷神，卻不禱告，根本是緣木求魚。因此基神一直努力操練禱告，尤其晨禱會已成為學院生活中極為重要的時刻。
呂牧師介紹了基神師生如何具體操練禱告事奉。週一到週四上課期間，每早上八點鐘，所有全時間的學生都到校開始個人靈修。八點二十分羣體靈修開始，齊聚小教堂，在講壇前一起跪下，詩歌讚美，讀經分享，禱告代求，享受神的同在，仰望神的工作。
呂牧師強調晨禱不可或缺，因為那時聖靈作工的時刻，他引用邦茲的名言：「如果神在我們早晨的思想與努力中不佔第一位，那麼在其餘的時間中，祂就佔末位。」
聖徒相通的禱告會似乎逐漸成為失落的操練，但呂牧師為「基神」不僅堅持傳承，而且有活力與經歷而感恩。他也不斷勸勉同學，「禱告是主的吩咐，是我們的需要與渴慕，是與主聯合的必要管道。」
作為院長，呂牧師也分享他為基神的禱告內容。「我禱告，基神所培育出來的傳道人，在神學院的操練中，養成日後事奉的能力與忠心，成為神國的忠僕，隨時舉起聖潔的手，為基督的國度與肢體代求。」
「我禱告，神賞賜基神畢業生多有禱告的夥伴，能一同勞苦，帶領出能忠心禱告的教會。」他分享説。
