2月11日，埃及副總統蘇萊曼通過國家電視台宣佈，穆巴拉克已經辭去總統職務，並將權力移交給軍方。埃及未來政局改變對當地基督徒或整體宗教環境會造成什麼影響至今仍屬未知之數。

蘇萊曼說：「在國家目前正在經歷的困難時期，穆巴拉克總統決定辭去總統職務。」他說，穆巴拉克已經授權埃及武裝部隊最高委員會掌管國家事務。埃及最高武裝部隊委員會代表埃及武裝部隊各兵種的負責人，也代表國防部長和參謀總長。

埃及武裝部隊最高委員會11日發表聲明說，支持穆巴拉克關於政權和平過渡的計畫，並保證穆巴拉克在電視講話中提到的各項承諾得到執行。聲明說，保證在局勢平穩後結束緊急狀態法，執行司法機構對議會選舉結果的裁決，保證憲法改革和舉行自由公正的總統選舉。

據報導，埃及總統穆巴拉克及其家人當天早些時候已離開首都開羅，抵達位於埃及西奈半島的紅海海濱旅遊城市沙姆沙伊赫。穆巴拉克10日晚發表電視講話時宣佈，他根據憲法將部分權力移交給副總統蘇萊曼，他本人不會辭去總統職務，並表示要求對憲法部分條款進行修改，涉及總統候選人資格、總統任期等。

世界福音聯盟（World Evangelical Alliance, WEA）總幹事圖尼克利夫博士於8日接受《基督教郵報》採訪時介紹埃及基督教現況時說：「基督徒數佔埃及總人口的7%，我們看到埃及基督徒也希望給國家未來帶來積極正面的貢獻並盡力在找最好的方法。全國信徒他們已經被呼籲加入到一個網路一起為了國家未來代禱。」

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「我們對埃及一些宗教自由事件及對基督徒的攻擊繼續加大關注。我們與埃及的基督徒一起代禱且堅定地支持他們。」他補充。

WEA曾呼籲為大量埃及基督徒離開國家的情況代禱。被記者問及造成埃及基督徒逃離家園的理由時，圖尼克利夫博士回答說：「這是我們從別的中東國家看到曾有的情形，就在伊拉克或是以色列西岸地區。作為基督徒遇到壓力有：經濟上的或者是佔大多數社群對少數群體的歧視等。當所有的壓力都降臨在他們身上時，這樣的壓力會迫使且已經迫使一些基督徒離開他們自己的國家。因此我們看到在別的一些國家，基督徒人口數在不斷減少。」

他最後說：「我們的擔心就是若在埃及的基督徒遭受的壓力過大的話，有些人會被迫選擇離開自己的國家。」

據悉，埃及政局對於屬於少數社群的基督徒來說非常不利，他們已被視為「異教徒」或與美國及以色列連結的人，當地教會面臨前所未見的威脅。Assistnews.net近日報導在1月30日，穆斯林極端分子亦趁著動亂暗地殺害基督徒，11名埃及科普特基督徒在他們位於明亞省 （Al Minya）的家中被殺。

许多媒體亦有分析指，埃及一較大的反政府勢力──穆斯林兄弟會（Muslim Brotherhood）亦可能奪取本次民主改革運動的果實，意圖在埃及建立起極端伊斯蘭政權。

聯合國秘書長潘基文10日通過其發言人發表聲明，表示密切關注埃及目前局勢發展，並再次強調埃及的未來應由埃及人民決定。聲明重申，埃及政權過渡應該「透明、和平、有序」地展開，並滿足埃及人民的合理訴求，這其中包括舉行「自由、公平和可信的選舉」。