日本文化事務廳公佈最新版本《宗教年鑑》（Reiwa Gen [2019]版），天主教徒和新教徒略有增加，但總體而言呈下降趨勢特別是主流新教徒下降幅度較大。

日本信徒人數為953,461，據日本內務和通信部統計局估計，日本總人口1億220萬，信徒佔0.76％，縱觀對上三年信徒人數在下降中：959,640（2018），962,530（2017），968,066（2016）減少了14,605（約2％）。教堂總數為5,820，堂數量增加77間。

天主教是世界上最大的基督宗教，全世界約有13億信徒（約佔世界人口18％）。新教徒在日本有是一個獨特的組織，朝拜和其他宗教儀式各異，但是天主教是一個全球性組織。

對於日本的宗派發展，天主教八王子教會牧師雜賀伸之指，日本的基督教會聯合會（NCC）是在戰爭期間通過鞏固新教宗教而形成的。因此，戰後有許多獨立的宗教，例如信義會、浸信會，他們重視其宗教傳統，但它們仍然是日本最大的新教徒。因此，聯合教會混合了不同宗派的特徵和改革。

他又指，在16世紀，由於路德和加爾文的改革，新教徒與天主教分離，後來由於路德宗，宗教改革者，衛理公會，浸信會等原因，他們由於聖經的解釋，宗教的忠誠和教義重點的不同而分開。

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現時日本基督教會聯合會及福音派的日本福音派聯盟（JEA）主導教界。至於信徒人數最多的首2間教會為：日本基督教會有111,090人（約佔基督徒12％）；1986有139,247信徒。日本國教教堂有47,886人（約佔基督徒5％）；1999年信徒達到高峰時有58,382人。