性別認同爭議蔓延到考古學界，激進分子試圖推動在古代人類遺骸上省略性別識別；支持者認為現代人無從知道古代族群的性別觀念，考古學家卻指將人類遺骸分為男或女，有助消除社會對女性有害的刻板印象。
支持者：不同族群和時代對性別有不同觀念
一個名為Trans Doe Task Force的組織認為身份不明人士無法被確認性別，應該定為跨性別者，試圖挑戰現時法醫將人類遺骸識別性別的標準。
支持者包括加拿大碩士學位候選人艾瑪（Emma Palladino），認為考古學家將遺骸定性別是強行的做法。她反對考古學家將遺骸界定為男或女，因為不同族群、不同時代對性別有不同的觀念。雖然生物考古學家可能會將一組遺骸識別為「可能是女性」，但據了解，個體的性別不一定與他們的性別相同。
當生物考古學家認為這個遺骸是男或女的時候，我們無從稽考遺骸主人生前對性別的選擇，換句話說遺骸主人若是生理男，但不一定認同自己是男性。
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艾瑪指：「如果我們對特定文化中的性別規範，加上身份有一個很好的了解，我們反而可以對性別做出特定文化的推論。」
反對者：鑑定性別助考究古代社會男女地位
但有考古學家拒絕將遺骸性別認同化，聖何塞州立考古學教授衛詩（Elizabeth Weiss）表示，省略性別分類只不過是「出於意識形態動機的捏造」，越來越多人呼籲個人識別為跨性別是一種社會而非生物學的趨勢。
從考古學角度出發，將人類遺骸分為男或女有助消除社會對女性有害的刻板印象，早期人類學家有時將一些強壯的女性骨骼誤認為是男性骨骼，特別是在阿留申人（Aleut）和因紐特人（Inuit）的收藏中；這強化了女性不像男性那樣勤奮的錯誤刻板印象。
「隨著時間的推移，生物人類學家和考古學家努力確定哪些特徵是由性別決定的，無論時間和文化如何。這項抹去這一進步的新政策是科學和女性的倒退。」
她總結道：「對骨骼遺骸進行性別鑑定是法醫中的一項關鍵技能，任何削弱這項技能都會對刑事調查產生負面影響，剝奪受害者及其家人的正義。」
