北京維權人士及民主學者聚會的「方舟教會」1月8日、15日連續兩個主日遭到公安盤查、拍攝後（察看相關報道），中國基督教家庭教會聯合會1月18日發出聲明表示強烈關注，並引用中國憲法指出，北京警方的行為是侵犯公民宗教自由的違法行爲，呼籲普世教會弟兄姊妹為中國禱告。中國基督教家庭教會聯合會去年10月20日成立於北京市郊，會長是曾經多次遭到當局扣押的張明選牧師。聯合會授權美國對華援助協會正式發佈了聲明全文，聲明也在總部設於美國的博訊新聞網上刊登：中國基督教家庭教會聯合會關於北京方舟教會被警方衝擊的聲明據悉，元月8日、15日，北京警方非法干擾北京方舟教會的正常聚會活動，我們作為中國家庭教會的一群傳道人，與方舟教會的弟兄姊妹一主、一洗、一信、一神，憑著聖靈同在而聖徒相通，對此事件以及近期北京教會和全國教會所受到的逼迫感到震驚和不安，並表示強烈關注。本著耶穌基督的信仰，並通過在他前面獻上禱告，我們有以下的看見：一、作為中國的基督徒，我們單單信靠唯一的真神耶穌基督，聖經是我們信仰的權威，我們只敬拜神，不崇拜人。二、《聖經、羅馬書》第13章說：「在上有權柄的，人人當順服他。因為沒有權柄不是出於神的。凡掌權的都是神所命的。……作官的原不是叫行善的懼怕，乃是叫作惡的懼怕。你願意不懼怕掌權的麽。你只要行善，就可得他的稱讚。因為他是神的用人，是與你有益的。你若作惡，卻當懼怕。因為他不是空空的佩劍。他是神的用人，是伸冤的，刑罰那作惡的。」為此，我們順服中國執政者的治理，並為他們能夠按著上帝的愛與公義治理國家而禱告。

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三、據我們所知，北京方舟教會自建立兩年多來一直正常聚會，信徒遵守中國憲法和法律，彼此相愛、與鄰居和睦相處。方舟教會的行為合乎聖經教導，是合法的聚會。四、中國基督徒作為神的子民和中國公民，擁有神所賜的、中國憲法所保障的公民基本權利，其中包括中國憲法第36條所規定的宗教信仰自由。這一自由不應受到下一層級的國務院行政法規如《宗教事務條例》，及其他行政法規、規章的限制。所以，登記與否不應成為限制公民宗教自由（包括敬拜、聚會、禱告、讀經等）的藉口或依據。五、我們認為，北京警方衝擊方舟教會的正常主日敬拜活動是侵犯公民宗教自由的違法行為。我們督促北京警方改正這一錯誤行為，切實依法行政。我們呼籲中國和普世教會的弟兄姊妹繼續為中國禱告，求神赦免我們的罪，賜給在逼迫中的基督徒以從神而來的信心、智慧和力量，使我們靠主剛強；求神更新中國在上掌權者的心意，使中國成為一個滿有祝福、充滿愛與公義的社會。中國基督教家庭教會聯合會2006年元月18日根據對華援助協會發佈的新聞稿，曾被當局拘捕、勞教6年的華南教會劉先枝傳道表示：「我們華南教會支持北京方舟教會為信仰自由和獨立所做的努力。我們祈求上帝能改變中國執政掌權者的心，使他們認識到千千萬萬獨立的家庭教會是中國建立和諧社會不可缺少的積極力量。」中國基督教家庭教會聯合會還將在近期發動遍佈中國17個省市的屬下教會，為方舟教會及其他受迫害的中國家庭教會禱告。