中國天主教愛國會雲南省昆明教區4月30日祝聖馬英林神父為教區主教，但據多方媒體報道，這一任命並未得到梵蒂岡教廷的贊同。天主教亞洲新聞4月28日發表評論文章，稱梵蒂岡已經「明確表達了不太支持馬神父的立場，認爲此人親近愛國會的權利機構，牧靈經驗不足。……梵蒂岡甚至提出了至少推遲舉行祝聖儀式的要求，從而展開更加冷靜的對話，就另擇他人達成共識。但是，愛國會卻無動於衷。」亞洲新聞表示，北京政府與梵蒂岡兩年前曾經達成協議，由羅馬指定主教人選，北京通過，並以這種方法先後祝聖了上海、西安、萬州教區的輔理主教，以及蘇州教區的主教。但被擱置的愛國會「不再甘心接受這種局面，並決定不惜一切代價祝聖馬英林為雲南省首府昆明教區主教」。「中國愛國會正在埋下一枚具有重大殺傷力的炸彈，將中梵之間剛剛傳出的對話信心推向危機。」該篇文章同時指出，多名中國官方教會主教對此任命明確表示了反對意見，並拒絕出席禮儀。中梵建交進程日前似乎綻露曙光，包括中國社會科學院中梵問題專家和香港陳日君樞機在内等多人均對媒體表示，建交兩大障礙：台灣問題和主教任命問題都已基本解決。其中主教任命問題的解決方式便是「中國政府將根據非正式機制，提名梵蒂岡屬意的神職人員出任主教」。不過，陳日君樞機4月29日上午發到昆明教區辦公室要求停止祝聖的傳真並未得到理會，祝聖儀式依然於30日上午如期舉行。

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同時，中國外交部發表聲明，要求梵蒂岡尊重中國教會和教徒意願，以及為改善中梵關係創造良好氣氛。外交部發言人表示内地教會主教的遴選是嚴格按照民主程序進行的，充分尊重了絕大多數神長教友的意願，主教人選也得到一致好評，梵蒂岡對中方的指責是毫無道理的。他又重申，中方有誠意改善中梵關係。中國天主教愛國會副主席劉柏年則說，相信委任昆明主教馬英林不會損害中梵建交，因爲過往委任上海及西安主教時，梵蒂岡也沒有異議。他又表示各國只會在宗教上謀求共融，不會在政治上謀求共融，他希望能藉宗教構建和諧社會，但不希望外國干涉中國内政。