為平息日前引述歷史批評伊斯蘭教的演說而造成的爭議，教宗在十七日的週日公開彌撒中，表示「深摯的歉意」。

他說：「對於我在雷根斯堡大學被認為觸犯伊斯蘭信徒的演說所激發的反應，我深感遺憾，不過這些話是引述中世紀的文件，並不代表我個人想法。」教宗也表示，他先前演說的內容是在邀請不同宗教間進行坦誠對話，希望外界不要誤解。

本篤十六世上週在德國雷根斯堡大學發表演說時，曾引用十四世紀一位拜占庭帝國國王的話，暗喻伊斯蘭教與暴力有關聯，稱先知穆罕默德是「邪惡與不人道」，此言在回教世界引起極大迴響，不少國家的伊斯蘭教徒上街抗議，在巴勒斯坦有天主教堂遭縱火，索馬利亞也有一名修女遭槍殺。

對於教宗昨日的回應，幾個重要穆斯林團體仍對他的致歉舉動表示歡迎。埃及穆斯林兄弟會的資深成員哈比表示，教宗在週日的說法，代表收回他在上個禮拜所說過的話，可視為是道歉的起步。他們希望教宗能在未來禪示他個人對伊斯蘭教的看法。

英國主要回教團體「伊斯蘭議會」表示，他們很高興了解天主教宗並無意冒犯伊斯蘭教。既然教宗已經澄清，他們希望事情到此為止。

德國穆斯林中央議會也認為教宗致歉有助於撫平全球许多地區出現的不滿情緒。

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俄羅斯總統蒲亭要求世界各宗教領袖「發揮責任感與力量」，平息這個事件。他相信大家有足夠的智慧和力量促進各種不同宗教團結。

不過，大多數伊斯蘭國家仍然沒有明確的反應。