新冠肺炎蔓延之際，日本基督教三宗派推出政策應變以支持其堂會，有宗派組織成立基金支援受病毒影響的堂會。
日本同盟基督教團：基金無息貸款給堂會
日本同盟基督教團（Japan Alliance Christ Church）理事長蘇田真一向日本《基督教報》表示，在疫病中每間堂會有其獨立應變措施，尊重他們的判斷，教團的角色是冷靜回應今次疫情、思考可做的方案、如何關顧堂會的需要。為應對新冠狀病毒在日本擴大，國家在4月6日成立新冠病毒感染控制總部，教會將具體行動支持包括呼籲各堂會牧師、信徒申報健康狀況給防疫總部。
此外，由於疫情影響，公眾團體活動停止，堂會轄下的營地租用減少收入受影響，位於松原湖聖經營和哈馬納湖聖經營地，春季租用的團體相繼取消，營地收入蒙受損失。教團將設立基金無息貸款給有需要的堂會、牧者薪酬等，貸款額由10萬至50萬日元，並將為基金會舉行籌募，現時撥用應急的儲備金。
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日本同盟基督教團3月27日發出聲明表示，參與公共服務是必要和緊迫，重視社區服務實踐愛鄰舍基督教精神，呼籲各堂會盡可能維持社關服務。教團為掌握堂會活動現狀促牧者提交資料，例如：如何舉行敬拜、禱告會、教會學校、董事會會議等；經濟形勢及展望；牧師或與教會有關人士受到感染的處理方案等。
浸信會聯會：詩集書籍牧養信徒
日本浸信會聯會（Japan Baptist Convention）表示，基於浸信宗以地方教會組成的體制，浸信會聯會不會向堂會發出指令，但會關顧堂會的需要例如信徒的牧養，因此聯會4月6日出版《新讚美詩集》、提供教會學校使用的教科書《聖經教育》。
該聯會宣教部長松藤一作指出，浸信會重視每一個信徒的基督教教育，即使在疫境信徒難以參加教會聚會和主日學，浸聯會也想藉著這機會珍惜牧養，決定免費派發聖經教育課本，信徒可以在家使用閱讀神的教導。聯會也考慮設立援助基金支持地方堂會。
對於在疫情下信徒的敬拜生活變得個人化，難以在教會互相彼此聯繫，松藤一作也表示，個人而言都覺得孤單，很難體驗到讚美者一起歌唱祈禱，在考慮到教會用網上敬拜的形式，他也希望盡上一分力支持每間堂會，讓堂會之間也不會加深這種孤立感覺。
大韓基督教會：強化知識抗異端
在日本的大韓基督教會（Korean Christian Church in Japan）秘書長金炳鎬分享，在韓國出現新興教會被輿論指為異端的時候，他感到了一種危機感。在日本，韓國教會與日本基督教會有深厚的聯繫，希望盡力搜集訊息與日本教會交流，加強牧養信徒基督教的知識。由於疫情關係，兩地教會的實體聚會已被取消，大家舉行網上視像會議，也討論新一輪教牧按立及宣教士差遣儀式各種重要安排。
