香港浸信會聯會2015年9月宣傳舉辦名為「辨惑歸正」的課程，內容涉及簡介基督教異端的教派資訊並於內文提及「香港神的教會」。香港神的教會得悉後認為浸聯會相有關人士誹謗，其後採取法律行動控告主辦機構浸聯會、課程導師新興宗教關注事工總幹事楊子聰及張貼海報的愛羣道浸信會，要求法庭下令對方登報澄清、道歉及作出賠償。
2017年在法定調解程序中，香港神的教會先與愛羣道浸信會達成和解，該會於同年 10月22日刊登澄清聲明。
經過約3年的興訟，本年4月20日香港神的教會與香港浸信會聯會達成和解協議，終止所有法律訴訟，和解協議包括三項：浸聯會聯於14天內在其網站刊登「澄清道歉啟事」為期兩周；浸聯會通知各成員教會刊登或張貼該啟事為期兩週；浸聯會賠償香港神的教會部分法律費用。
查實香港浸信會聯會2015年年11月已發聲明，承認在處理宣傳海報上疏忽，但否認就「異端」一詞下定義，也堅持沒指明任何教派屬異端。本年4月20日終在網站刊登「澄清道歉啟事」指，「辨惑歸正」課程報名錶海報網頁文稿誤指香港神的教會為異端，為令其形象嚴重受損而致歉，並收回異端言論。
據香港神的教會網頁表明其信仰為「篤信聖經、忠毅跟主的基督徒，一直熱心作見證，傳揚福音真道，按神的話建造合祂心意的教會，而教會所信的與歷代基督徒所信的正統信仰相同。」
翻查紀錄，在沙士期間抗疫殉職被稱為「香港女兒」的謝婉雯醫生在香港神的教會決志信主並接受栽培。
